Сегодня стояла на остановке, ждала трамвая. Вспомнила про вашу софтину и решила попробовать.
Смотрела на карту, трамвая точно не было, но "по-настоящему" он пришел и я на нем уехала. А в проге так и не появился.
Почему так может быть?

Например, на конкретный трамвай могли не успеть или "забыть" поставить треккер. Поэтому система и не знала о его существовании.

Совершенно верно. Стоит заметить, что портал общественного транспорта до сих пор работает в тестовом режиме. По официальной информации, тестовый режим должен закончиться до конца этого года.