Правильно ли я понимаю - если в трекере включен режим gprs то смс о каких то действиях приходит от сервера,
а если режим смс то от трекера?

Нет, неправильно.

От сервиса могут приходить только те уведомления, которые настроены на сервисе и к СМС от самого трекера они отношения не имеют.

СМС от трекера обычно не зависят от режима - трекер можно настроить на отправку данных на сервис мониторинга через интернет и одновременно СМС-уведомления о каких-либо событиях. Но это, конечно, во многом зависит от модели (или модификации), прошивки и в целом от той логики работы, которую заложил в трекер производитель.