Добрый день.

Пару дней назад начались странности с приходом пакетов. Если раньше, все работало как часики, и с установленным в трэкере периодом пакеты появлялись на сервере, то сейчас время между отображением положения плавает от 30 секунд до 4 минут.

Это проблема в трэкере, или что то случилось на сайте?

Сервис работает в штатном режиме, наиболее вероятно, что проблема в трекере.
Можно попробовать переустановить интервал или полностью сбросить настройки трекера и настроить заново.