Кто объяснит, все таки, какие у каждой из этих спутниковых систем навигации есть свои плюсы и минусы. Каковы перспективы ГЛОНАСС? Или ее создали изначально для военных (впрочем как и НАВСТАР) и оставят им же без развития? Есть ли такой вариант что появится еще одна система навигации или новый принцип ее работы?

Принципиальная разница в том, что работоспособность NAVSTAR зависит от доброй воли американского правительства, а ГЛОНАСС - российского.
Есть и некоторые технические отличия. Например, в GPS принято временное разделение каналов, а в ГЛОНАСС - частотное. Для гражданского применения лучше американский вариант (приемники проще), для военного - российский (труднее "задушить" помехами).

Я тут порылся по педивикиям и оказалось, что NAVSTAR это потомок первой в мире спутниковой системы навигации NAVSAT (которая имеет другое название -Transit). Система использовалась ВМФ США с 1964 года для подводных лодок, военных судов. Снята с эксплуатации в 1997 году.
Советский Союз тоже был не лыком шит. Как вам допустим "Циклон" — первая советская военная навигационная система? Первые спутники системы запустили в ноябре 1967 и мае 1968 года. В 1971 году, система была сдана в под кодовым обозначением "Залив". В 1976 году система была принята на вооружение, в составе шести космических аппаратов «Парус», обращающихся на околополярных орбитах высотой 1000 км под названием "Циклон". Гражданский вариант Циклона - Цикада.

Основной проблемой "Циклона" было небольшое время жизни спутников - от полугода для первых аппаратов, до 2 лет для последних версий.