Настроил аппаратный трекер и добавил программный Live GPS Tracks. Они передают данные на 5.9.136.109. Но первый передает на порт 3363, а второй на 3349. Это нормально? Или они должны отсылать на один и тот же порт? Если на один порт то как поменять его в программе Live GPS Tracks.

Вероятно, вы имеете ввиду программный трекер Real Time GPS Tracker.
Да, это нормально, что трекеры работают на разных портах. И именно правильный выбор порта важен при настройке аппаратного трекера, как и написано в нашей документации по настройке трекера.