Приветствую.
Должны ли управляющие SMS быть видны в Входящих на телефоне ? Давно стояла программа и вроде управляющие SMS были невидимым.

К сожалению да, начиная с версии Android 5.0.

Нужно либо ставить приложения, который перехватывают СМС и не дают попасть во входящие. Либо мудрить с настройкой программы для приема СМС по умолчанию. Начиная с указанной версии только одно приложение может быть по умолчанию для приема СМС, сперва все сообщения попадают в него, а оно уже пересылает нужному приложению. Соответственно с приложениями от производителей, все сообщения попадают во входящие без вариантов.

Здравствуйте, управлящие СМС больше не работают? Есть какая-либо альтернатива для удаленного включения-выключения программного трекера?

Да. К сожалению, Google запретил использовать API для отправки/получения СМС всем приложениям за редким исключением. Наше приложение не попадает в белый список по мнению "светлых умов" из Google.

На текущий момент вы можете:
1. Использовать удаленное управление с сервера
2. Использовать управление из сторонних приложений типа Tasker
Об обоих способах подробно описано в инструкции: viewtopic.php?f=57&t=895

Вы можете попробовать получать СМС через Таскер. Он как раз попал в белый список и может принимать СМС сообщения. И получив СМС в Таскер, отправлять через него команду в наше приложение.